Deux amis, Nagi Soichirô et Makihara Bob sont transférés dans l'établissement de Jûdô Gakuen. Ils vont faire la connaissance des sœurs Natsume. Ils vont apprendre à leur dépend l'existence d'un Conseil qui régit cet établissement. Ils décident alors de rejoindre le Club de Kendo dirigé par les sœurs Natsume qui est le seul club à s'opposer au conseil.

Aya, la petit sœur de Natsume, tombe éperdument amoureuse de Nagi et Maya Natsume, l'aînée, voit tout de suite que Nagi a un gros potentiel. Il contrôle des techniques en quelques jours alors qu'il faut des années pour les maîtriser. Par la suite, des événements étranges se produisent et auraient un rapport avec un mystère qui s'est passé 2 ans plus tôt et qui serait lié à Nagi.